全科医学科前身保健科，2017年7月林芝市人民医院率先在西藏自治区成立第一个全科医学科，属广东孙逸仙纪念医院（广东省中山大学第二附属医院）院包科科室，医院院长分管科室。下设老年医学科、体检中心、皮肤科、中医科、营养科等科室，是集临床医疗、教学科研、保健体检为一体的综合性科室。

全科医学科临床范围以内分泌代谢及营养相关性疾病为主，2021年12月与四川华西医院内分泌代谢学科组成学科联盟，实现协同诊疗、双向转诊，促进我院内分泌内科稳步向前发展。科室特色诊疗包括：糖尿病动态血糖监测、胰岛素泵强化治疗、糖尿病神经系统评估、糖尿病结构性教育、体重管理等。2020年9月通过国家住院医师规范化培训基地审核，并在全区范围内招收全科医学专业住院医师。先后开展了《西藏高海拔低氧环境减缓糖尿病发生发展的可能性及其代谢通路研究》、《老年肌少症早期预警、诊断和多维度干预策略研究》等科研项目、准备开展《高原手术刺激对患者睡眠质量的影响机制及干预策略研究》《林芝高原人群睡眠障碍机制及干预策略研究》等相关课题。先后发表高海拔低氧环境对健康成人空腹血糖的影响》（2018年全国糖尿病年会）、《中等度高海拔低氧环境对健康成人血糖、血脂谱及甲状腺激素水平的影响》（中国病理生理杂志）、《不同治疗方法对2型糖尿病患者神经内分泌免疫网络影响》（特别健康杂志）等论文。

老年医学科作为全科医学科二级科室，2021年11月成为国家老年疾病临床医学研究中心协同网络核心单位，2020年4月成为国家老年疾病临床医学研究中心，为改善老年人生活质量，2021年11月全科医学科对全市1000名50岁以上老年人群开展了免费体检。

中医科：中医科作为全科医学科的二级科室，现我科有多名中医专业医师，均具备一专多能的临床诊疗水平，为提高本科室的中医诊疗水平，2021年8月起由广东省第七批组团式医疗援藏中医专家支援我科中西医结合诊疗建设，开展了中西医结合门诊，并坚持以中医药为主，中西医结合治疗，突出中医辨证辨病特色，积极开展中西医结合诊疗、中药饮片口服、中成药治疗、中医康复理疗、中医膳食指导、中医养生保健、中医体质辨识、治未病健康管理的中医药适宜技术。特别对老年病、慢性病有独到的疗效。